供水水質是確保供水工程成敗的關鍵，根據《農村供水工程技術要點》，其供水水質應滿足《生活飲用水衛生標準》的有關要求。集中供水工程水質凈化處理，可根據各地區的具體條件，合理采用凈水工藝、凈水構筑物或凈水器。對于水質良好的地下水，可只進行消毒處理；原水渾濁度長期不超過20度、瞬間不超過60度的水源，或經過預處理后渾濁度不超過20度的地表水，可采用直接過濾和消毒的水處理工藝，過濾可采用慢濾或接觸過濾；原水渾濁度長期不超過500度，瞬間不超過1000度的地表水，可采用混凝、沉淀、過濾和消毒常規水處理工藝。當原水含沙量季節變化較大或渾濁度經常超過500度時，應先進行預處理，再進行常規水處理，以降低水處理費用和運行管理難度；原水含沙量變化較大或混濁度經常超過1000度時，可在常規凈水工藝前采取預沉措施；高濁度水應按《高濁度水給水設計規范》的要求進行凈化。
 
（1）農村一般一體化凈水設備對于以水庫為水源的自壓供水工程，水質一般為濁度超標、大腸桿菌超標、硝酸鹽超標，可采用穩定的農村一體化凈水設備，并配備自動加藥裝置及消毒裝置，建成具有全套功能的凈水廠。該凈水裝置集絮凝、沉淀、排污、集中過濾、消毒等工藝于一體，具有處理效果好，水質優良，占地面積小，節水、節電、省工等優點。
 
（2）消毒措施生活飲用水的消毒劑一般采用液氯、次氯酸鈉、二氧化氯、漂白粉等，無配水管網規模較小的水廠可采用紫外線消毒。消毒劑宜在濾后投加，原水中有機質和藻類較多時，可在混凝沉淀前和濾后分別投加。投加消毒劑的管道及配件應采用無毒的耐腐蝕材料。消毒劑倉庫的固定儲備量應根據當地供應、運輸條件，按15～30天的用量計算，其周期儲備量根據當地具體條件確定。